1965 yılında Rize’nin Pazar ilçesinde doğan Profesör Muhammed Şahin, Pazar Sivritepe Köy İlkokulu, Pazar Ortaokulu ve Pazar Lisesi’ndeki eğitimlerinden sonra, İstanbul Teknik Üniversitesi, İnşaat Fakültesi, Jeodezi ve Fotogrametri (Geomatik) Mühendisliği Bölümü’nü 1987 yılında birincilikle tamamladı.
Şahin, 1991 yılında İngiltere’de University College London’da Yüksek Lisans, 1994’de University of Newcastle Upon Tyne’da doktora çalışmalarını tamamladı. 1988 yılında İTÜ Ölçme Tekniği Anabilim Dalı Araştırma Görevlisi olarak başlayan akademik kariyerine, İngiltere’deki Master ve Doktora eğitimlerini tamamladıktan sonra yine aynı üniversitede yardımcı doçent ve doçent olarak devam etti. 2002’de de İTÜ Ölçme Tekniği Anabilim Dalında Profesör oldu. 1997 yılında Graz Teknik Üniversitesi’nde ve 2000 yılında da Berlin Teknik Üniversitesi’nde kısa süreli misafir araştırmacı olarak bulundu.
1996-2004 yıllarında Rektör Danışmanlığı, Yabancı Diller Yüksek Okulu Müdürlüğü, Ölçme Tekniği Anabilim Dalı Başkanlığı ve İleri Teknolojiler Program Koordinatörlüğü gibi çok sayıda yönetim görevlerinde bulundu.
Çeşitli ulusal ve uluslararası mühendislik birliklerinde üyelikleri bulunan Profesör Muhammed Şahin’in 14 uluslararası SCI makalesi ve 73 uluslararası bildirisi bulunmaktadır.
Profesör Şahin, 6 Ağustos 2008 yılında İTÜ’ye rektör olarak atandı ve 6 Ağustos 2012’de görevi sona erdi. Şahin 2009 yılında, merkezi Belçika’da olan ve Avrupa’daki önemli mühendislik üniversitelerinin yer aldığı CESAER - Avrupa Yüksek Teknik ve Araştırma Üniversiteleri’nin yönetim kurulu üyeliğine Türkiye’den seçilen ilk ve tek Türk rektör oldu. Şahin, Şubat 2012’de ise, aynı birliğin dört kişilik yürütme kuruluna, “Üniversitelerde Araştırma ve Strateji Yönetimi” konusunda yaptığı katkılar nedeniyle aday gösterildi ve oy birliği ile seçildi.
Şahin, Başbakanlık Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığı Deprem Danışma Kurulu Üyesi, Rize ve Karadenizliler Vakfı Yönetim Kurulu Üyesidir. Ağustos 2008- Ağustos 2012 tarihleri arasında İTÜ Vakfı ve İTÜ Geliştirme Vakfı Başkanı, İTÜ ARI Teknokent Yönetim Kurulu Başkanı, İTÜ Geliştirme Vakfı Okulları Kurucu Temsilcisi, İTÜ Mezunlar Konseyi Onursal Başkanı görevlerinde bulunmuştur.
Muhammed Şahin, Tekstil Tasarımcısı Neşe Şahin ile evlidir. 2002 yılında doğmuş olan Efe isimli oğlu ve 2009 yılında doğmuş olan Defne isimli bir kızı vardır.
Muhammed Şahin, MEF Üniversitesinin kurucu rektörüdür ve Mart 2013'ten beri bu görevdedir.
